Die Präprozessor-Direktven sind denke ich schon die beste Option, über Debug/Release würde ich das aber nicht machen.
Stattdessen würde ich neue Konfigurationen anlegen. Für deine beiden Varianten gibt's dann jeweils eine Debug- und eine Release-Variante, also insgesammt vier Konfigurationen.
Das mag erst Mal kompliziert klingen, allerdings kannst Du pro Konfiguration den Build im Detail einstellen, mit fest definierten Präprozessor-Direktven, Platformzielen, Ausgabepfad, Scripte, etc.
Die "alten" Debug/Release-Konfigurationen kannst Du dann löschen, da die ja abgelöst wurden.
Das geht über den Konfigurations-Manager (Rechtsklick auf die Projektmappe). Dort findest Du links oben die Konfigurationen und im DropDown gibt's die Punkte "Neu" und "Bearbeiten".
Oder Du schreibst eigene Build-Scripte, das geht natürlich auch, geht aber nicht ganz so einfach.