Meinst Du mit Windows 2003 SE nun Windows Mobile 2003? Wenn ja, dann kannst Du mit D2005 auf jeden Fall keine Programme dafür schreiben. Soweit ich weiß unterstützt D2006 nun aber das Compact Framework, aber auch nur ohne Designer, müsstest also alles von Hand schreiben.
Ansonsten geht das nur mit Visual Studio 2003 bzw 2005, wenn Du unbedingt ne IDE brauchst. Ich weiß nicht ob #Develop das Compact Framework schon unterstützt. Auf jeden Fall wirst Du nicht um C# rumkommen, wenn Du Dir D2006 nicht kaufen willst.